Fachbereichsdekan/in und Fachbereichsprodekan/in müssen laut Grundordnung unterschiedlichen Theologischen Fakultäten angehören. Fachbereichsdekan/in und Fachbereichsprodekan/in sind zugleich Dekane/Dekaninnen ihrer Fakultät, der sie angehören [Teil 4 § 11 GO]. Fachbereichsdekan/in und Fachbereichsprodekan/in wechseln das Amt nach anderthalb Jahren. Folglich ist immer für anderthalb Jahre ein/e Professor/in der Katholisch-Theologischen Fakultät Fachbereichsdekan und ein/e Professor/in der Ev.-Theol. Fakultät Fachbereichsprodekan/in, in den folgenden anderthalb Jahren umgekehrt.
Sowohl Fachbereichsdekan/in als auch Fachbereichsprodekan/in haben Sitz und Stimme im Senat [Teil 3 §7 GO].
Fachbereichsdekan ist derzeit Univ.-Prof. Dr. Michael Roth (Ev.-Theol. Fakultät), Fachbereichsprodekanin Univ.-Prof. Dr. Heike Grieser (Kath.-Theol. Fakultät).
Der nächste Wechsel steht nach den Hochschulwahlen im Januar 2023 für das Sommersemester 2023 an.