Fachbereichsdekan/in und Fachbereichsprodekan/in müssen laut Grundordnung unterschiedlichen Theologischen Fakultäten angehören. Fachbereichsdekan/in und Fachbereichsprodekan/in sind zugleich Dekane/Dekaninnen ihrer Fakultät, der sie angehören [Teil 4 § 11 GO]. Fachbereichsdekan/in und Fachbereichsprodekan/in wechseln das Amt nach anderthalb Jahren. Folglich ist immer für anderthalb Jahre ein/e Professor/in der Katholisch-Theologischen Fakultät Fachbereichsdekan und ein/e Professor/in der Ev.-Theol. Fakultät Fachbereichsprodekan/in, in den folgenden anderthalb Jahren umgekehrt.
Fachbereichsdekanin ist seit dem Sommersemester 2023 Univ.-Prof. Dr. Heike Grieser (Kath.-Theol. Fakultät), Fachbereichsprodekan Univ.-Prof. Dr. Michael Roth (Ev.-Theol. Fakultät).